PRONAT está certificada en ISO 50001, ISO 14001, BRCGS, IFS, FSSC22000, Halal, Kosher, FDA, GLOBAL G.A.P., GRASP, producción integrada, producción ecológica e IQNET SR10-Responsabilidad Social.
El control del Departamento de Calidad asegura al cliente un producto de máxima calidad y garantía acorde a las normas de seguridad e higiene.
PRONAT garantiza todo el proceso de calidad del producto, manteniendo la trazabilidad del tomate desde su siembra hasta el producto final, pasando por todas las fases de transformación. El Departamento de Campo de PRONAT exige a los proveedores de tomate fresco el cumplimiento de las buenas prácticas agrícolas , según el protocolo GLOBAL G.A.P., así como un certificado de que las variedades de tomate sembradas no están modificadas genéticamente. También se lleva un control de los tratamientos fitosanitarios utilizados. Por este motivo PRONAT participa en un invernadero, que le permite controlar y asegurar la trazabilidad.
PRONAT, en su respeto al Medio Ambiente, cumple con su Autorización Ambiental Integrada, que regula los aspectos ambientales referentes a emisiones atmosféricas, vertidos, ruidos y residuos. Asimismo se asegura de que la gestión de todos los residuos generados por su actividad sea realizada a través de Gestores de Autorizados de Residuos.